Dana 8.10.2020. predsjednik Zoran Milanović bio je gost u emisiji RTL Danas (https://www.rtl.hr/vijesti-hr/novosti/hrvatska/3901732/ekskluzivni-intervju-za-rtl-milanovic-se-pohvalio-sto-nije-spominjao-41-i-45/). U intervjuu je kritizirao Žarka Puhovskog da je „u Hag otišao sam i tamo svjedočio na način koji je za Hrvatsku mogao biti fatalan“ te da „uopće nije trebao ići“, što je ponovno otvorilo pitanje vjerodostojnosti izvješća Vojna operacija oluja i poslije koje je 2001. objavio Hrvatski helsinški odbor (HHO), a kao urednik potpisao Žarko Puhovski. To izvješće bilo je uvršteno u dokazne materijale tužiteljstva na suđenju generalima Gotovini, Markaču i Čermaku na Međunarodnom kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju u Hagu (MKSJ). Javnosti je najpoznatija tvrdnja u izvješću da su hrvatske snage odgovorne za oko 600 ubijenih srpskih civila i najmanje 22.000 spaljenih kuća tijekom i nakon operacije Oluja jer se u medijima sustavno nametala kao istinita iako je dokazano da prema metodologiji koja se koristila u izradi izvješća nije istinita.

Puhovski je nakon Milanovićeva istupa 29.10.2020. gostovao u Index studiju (https://www.index.hr/vijesti/clanak/puhovski-u-indexovom-studiju-bio-sam-za-jugoslaviju-hrvatska-je-mogla-i-bez-tudjmana/2226047.aspx) gdje se osvrnuo na to izvješće HHO-a. Novinar Vojislav Mazzocco postavljao mu je pitanje te je pritom izgovorio: „Hrvatski helsinški odbor je sastavio svoje nalaze šta se događalo za vrijeme rata i za vrijeme operacije Oluja...“ pri čemu se Puhovski ubacio u pitanje s riječima „Poslije operacije, ništa drugo“. Pitanje je dalje bilo: „Poslije operacije Oluja i vi ste imali tu knjigu zbog koje ste, jeste li pozvani ili ste se javili haškim istražiteljima?“, a Puhovski je odgovorio: 

„Nema govora o tome da sam se ja javio. Mene su obavijestili preko ureda koji više nije vodio Orsat Miljenić, tog istog ureda koji je vodio Orsat Miljenić u jednom razdoblju, da je knjiga prijavljena kao dokument tužiteljstva u Haagu i da će me tužiteljstvo pozvati da svjedočim kao urednik te knjige. Po Ustavnom zakonu o suradnji sa haaškim sudištem to je bila građanska obveza kao i pred svakim drugim sudom i ja sam tu obvezu ispunio tako da sam govorio koliko sam mogao istinitije o tomu što su bili nalazi u toj knjizi i što su bile greške. Ja sam te greške koje su se pokazivale u ispitivanju priznao osim dvije koje nisu bile korektno dokazivane, međutim, argument koji za nas ostaje je sljedeći: nema nijednog imena ni na popisu haaškog sudišta ni na popisu državnog odvjetništva koje nije najprije bilo u helsinškom odboru. Radilo se pod velikim pritiskom, ne samo bez suradnje nego uz sabotiranje policijskih organa i vojnih organa i bilo je grešaka. Oni su našli tamo nekoliko grešaka, vjerojatno ima još tih grešaka, ali daleko najveći dio od tih 680 ljudi jesu žrtve koje su ubijene u razdoblju od otprilike, uglavnom oko 7 – 15 dana nakon završetka operacije Oluja. Mi se nismo bavili nikakvim žrtvama do kraja vojne operacije, što je bilo za vrijeme rata odnosno ratovanja nije bila stvar koju smo mogli istraživati i to je došlo do haaškog sudišta. Tamo sam ja kao urednik to prezentirao. U uvodu je pisala moja teza da su efekti akcije Oluja jednaki efektima, odnosno, po efektu jednaki etničkom čišćenju. Argument je veoma  jednostavan – u deset godina se postotak srpske manjine u Hrvatskoj smanjio za tri puta. To se ne događa nikakvim prirodnim, populacijskim procesom da umru i tu se radilo, jako je važno, velikim dijelom o seoskom stanovništvu koje ne napušta svoja mjesta života bez velike opasnosti. I to su činjenice koje po mom sudu ne mogu se tako lako zanemariti. Nota bene kad su bili rezultati konačno gotovi tog popisa iz 2001. onda smo čekali godinu i pol dana da budu objavljeni jer se Račanova vlada nećkala da ih objavi znajuči što će od svega toga biti. Međutim to su sad činjenice, s njima treba živjeti, treba pogedati, samo treba pogledati Tuđmanov govor u Kninu na primjer ili nešto slično. Ja recimo godinama predlažem da se sada u povodu ovih godišnjica objavi kao što su to Slovenci napravili prije desetak godina, kasno navečer recimo, da se repriziraju televizijski dnevnici Hrvatske televizije iz 90./91. godine da se vidi kakva je to shema bila. Samo jedan primjer, HTV je zabranio prenošenje ženskog finala u tenisu, žena, iz Roland-Garrosa '93. mislim, jer su se sastale Monika Seleš koja je bila još za Jugoslaviju i Steffi Graf i znalo se da Stefffi Graf nema šanse protiv Monike Seleš na zemljanom terenu i odlučeno je da se neće Hrvatima i Hrvaticama dati da vide kako Jugoslavenka tuče Nijemicu.“

Usporedbom onoga što piše u izvješću i izjave Puhovskog uočava se da je Puhovski u reakciji na prvo pitanje dao djelomice pogrešan odgovor da se izvješće odnosi na događaje poslije operacije Oluja i ništa drugo. U izvješću HHO-a piše: „Samo na području bivšeg UN sektora Jug, stradalo je, što u samoj akciji, što u narednih 100 dana, oko 600 civila i neutvrđen broj vojnika, od kojih su neki strijeljani nakon predaje iii zarobljavanja“. Dakle broj ubijenih civila odnosi se i na događaje za vrijeme operacije Oluja, dok se broj zapaljenih kuća odnosi na razdoblje nakon operacije. Što se tiče samog broja od oko 600 ubijenih civila koji se u javnosti često podizao na 677, često Documenta i Vesna Teršelič (https://documenta.hr/novosti/priopcenje-o-neprocesuiranim-zlocinima-u-tijeku-i-neposredno-nakon-vra-oluja/) ili 680 kao u izjavi Puhovskog za Index studio, on se pokazao manjim. Za vrijeme svjedočenja Puhovskog u Hagu, utvrđene su brojne metodološke greške u izradi izvješća, prvenstveno uvrštavanje u popis ljudi koji su živi, ljudi čija su imena pogrešno zavedena, slučajevi samoubojstva, koji su bili vojnici, a ne civili, za koje se ne zna tko su i kako su poginuli, ali su uvršteni na popis civila koje su ubile hrvatske snage itd. (svjedočenje je dostupno na mrežnim stranicama MKSJ-a). Sama Documenta je naknadnim vlastitim istraživanjem otkrila jednake metodološke greške u izvješću HHO-a i utvrdila da je broj civila koje su ubile hrvatske snage manji od broja koji je naveo HHO (https://documenta.hr/novosti/documenta-broj-civilnih-zrtava-u-oluji-manji-od-hho-ovih-677-hina). 

Što se tiče najmanje 22.000 spaljenih kuća, HHO se u izvješću poziva na bivšega zapovjednika mirovne misije United Nations Confidence Restoration Operation in Croatia (UNCRO) u UN sektoru Jug - kanadskoga generala Alaina Foranda (izvješće je dostupno na mrežnim stranicama MKSJ-a). U Izvješću HHO-a tako piše: „Po njegovim podacima, vojni promatrači UN-a obišli su do toga vremena 320 sela i izbrojili 22.000 zapaljenih kuća, što je 73 posto svih kuća“. No u Forandovom izvješću ne piše to nego: „Palež i uništavanje imovine nakon ofenzive od 4. do 5. kolovoza rašireni su. Nedavno izvješće vojnih promatrača UN-a temeljeno na posjetu 389 zaselaka i sela pokazalo je da je od 21.744 promatrane kuće preko 16.578 uništeno vatrom ili teško oštećeno. Većinom su pripadale srpskoj zajednici. Iz ovog izvješća procijenjeno je da je 73 % svih posjeda u bivšem sektoru Jug trenutno nenaseljivo“. Prema tome, u Forandovom izvješću ne piše da se radi o posjetu 320 sela s 22.000 zapaljenih kuća (objekata) tijekom i nakon operacije Oluja, nego 389 zaselaka i sela s 21.744 pregledanih kuća (objekata) u sektoru Jug nakon operacije Oluja. HHO je smanjio broj posjećenih sela i povećao broj uništenih kuća. Pritom je naveo da se radi spaljenim kućama, izostavivši bitan detalj da se kao prvo radi o pregledanim objektima, a zatim i da se među doista uništenim objektima radi o raznim objektima, od kuća do staja, s različitim stupnjevima oštećenja, od razbijenog prozora i nagorenosti do spaljivanja i potpunog uništenja i to ne samo u većinski srpskim mjestima nego i hrvatskim. Što se tiče broja od 16.578 uništenih kuća (objekata), analizom obrane generala Gotovine, tj. usporedbom broja kuća (objekata) iz popisa stanovništva od 1991. i objekata koje je prebrojao UN na određenim područjima sektora Jug, ispalo je da je 1991. postojalo 6.342 objekta, a da je UN nakon Oluje izbrojao 13.851 objekt od čega je 10.647 objekata potpuno ili djelomično oštećeno. To bi značilo da je potpuno ili djelomično oštećeno 4.305 kuća (objekata) više od broja postojećih kuća (objekata) koji su postojali na tom području prema popisu stanovništva iz 1991. Vojni promatrači UN-a na svjedočenju u Hagu nisu mogli objasniti ovakve razlike (transkripti sa suđenja dostupni su na mrežnim stranicama MKSJ-a)..